คณะแพทยศาสตร์มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์เป็นคณะทีตั้งขึ้น
เนื่องจากปัญหาทางด้านสาธารณสุขของภาคใต้และความขาดแคลนบุคลากรทางด้านการแพทย์ และสาธารณสุขของประเทศ
รวมทั้งเพื่อให้ให้การดำเนินการเป็นไปตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ฉบับที่ 3 คณะแพทย์
จึงได้รับการจัดตั้งขึ้นเป็นคณะลำดับที่4 ของมหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
สภามหาวิทยลัยสงขลานครินทร์ได้เล็งเห็นความจำเป็นและมีมติเห็นควร
ให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ในวันที่ 11กันยายน 2511 แล้วดำเนินการในการ ขอจัดตั้งตามขั้นตอนของระบบราชการ
จนกระทั่งถึงวันที่17 สิงหาคม 2514 สภาการศึกษาแห่งชาติก็ได้อนุมัติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์เป็นคณะหนึ่ง
ของมหาวิทยาลัย
ในวันที่27 ธันวาคม 2514 สภาปฎิวัติ
ได้แต่งตั้งคณะกรรมการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ โดยมีปลัดสำนักนายกรัฐมนตรีเป็นประธาน
และคณะกรรมการชุดนี้ได้แต่งตั้ง อนุกรรมการ วางแผนรวม (MasterPlanning Subcommittee )
เพื่อวางแผนการดำเนินงานของคณะแพทย์ในระยะต้น โดยมีรองศาสตราจารย์นายแพทย์เกษม ลิ่มวงศ์ เป็นประธาน
นายแพทย์ปราโมทย์ วีรานุวัตติ์ เป็นเลขานุการ
จนลุล่วงถึงวันที่ 6 ตุลาคม 2515 จึงได้มีประกาศราชกิจจานุเบกษา ให้คณะแพทยศาสตร์
เป็นหน่วยงานระดับคณะของมหาวิทยลัยสงขลานครินทร์ ตั้งแต่วันที่ 19 กันยายน 2515
และได้รับความอนุเคราะห์จากมหาวิทยาลัยมหิดล ให้ใช้สถานที่ของคณะเภสัชศาสตร์
เป็นสำนักงานชั่วคราว
สภามหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์มีมติให้ตั้งคณะแพทยศาสตร์ ณ วิทยาเขตหาดใหญ่ จังหวัดสงขลา เมื่อวันที่ 15พฤศจิกายน 2515
ประกอบด้วยภาควิชา เริ่มแรก 11 ภาควิชา กัย 2 หน่วยงาน คณะแพทยศาสตร์สามารถรับนักศึกษารุ่นแรกได้ จำนวน 35 คน
ในเดือนมิถุนายน 2516 โดยใช้สถานที่ของคณะวิทยาศาสตร์เป็นที่เรียนภาคทฤษฎี และระยะแรกใช้โรงพยาบาลหาดใหญ่
และโรงพยาบาลสงขลา เป็นที่เรียนภาคปฎิบัติ
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวและสมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ
ได้เสด็จ พระราชดำเนินมาทรงวางศิลาฤกษ์โรงพยาบาลคณะแพทยศาสตร์ เมื่อวันที่ 26 สิงหาคม 2519
เพื่อให้เป็นสถาบันทางด้านการศึกษาวิจัย การรักษาพยาบาลและฝึกงานของบุคลากร ทางด้านการแพทย์ทุกแขนง
และได้พระราชทานนามของโรงพยาบาลในภายหลังว่าโรงพยาบาลสงขลานครินทร์
ในเดือนมีนาคม2520
คณะแพทยศาสตร์ก็ได้ย้ายสำนักงานคณบดีชั่วคราวจากคณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลลงมาตั้งชั่วคราว ณ
คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์ และในช่วง2 ปีต่อมา คือ เดือนมีนาคม 2522
คณะแพทยศาสตร์ก็ได้บัณฑิตที่จบการศึกษารุ่นแรกจำนวน 31 คน
โรงพยาบาลสงขลานครินทร์ซึ่งเป็นโรงพยาบาลที่ใช้ในการเรียน การสอน
และการรักษาพยาบาลของคณะ สามารถเปิดบริการรักษาพยาบาลแก่ประชาชนทั่วไปอย่างเป็นทางการจำนวน 100 เตียงแรก
ได้เมื่อ 22 กุมภาพันธ์ 2525 ทำให้ประชาชนผู้ป่วยไข้ ได้รับบริการทางการแพทย์จากสถานบริการ ที่มีคุณภาพเพิ่ม
ขึ้นอึกแห่งหนึ่งในภาคใต้
จนกระทั่งถึง18 กันยายน 2529 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา
ก็ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงกระทำพิธีเปิดโรงพยาบาลสงขลานครินทร์ นับเป็นศิริมงคล
และสร้างความซาบซึ้งในพระมหากรุณาธิคุณให้กับบุคลากรในคณะ มหาวิทยาลัย และ ประชาชนชาวภาคใต้
เป็นอย่างยิ่ง
ทางด้านการวิจัยสมเด็จพระพี่นางเธอเจ้าฟ้ากัลยานิวัฒนา เสด็จเปิดอาคารวิจัย รัตน์ ประธานราษฎร์นิกรในวันที่ 18
กันยายน 2535
ซึ่งอาคารดังกล่าวใช้เป็นสถานที่ทำการภาควิชาชีวเวชศาสตร์และห้องปฎิบัติการสัตว์ทดลอง
การให้บริการรักษาพยาบาลอย่างเร่งด่วนแก่ผู้ประสบอุบัติเห;ตุ ในวันที่ 21 กันยายน 2535
สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาสยามบรมราชกุมารี เสด็จพระราชดำเนินมาทรงวางศิลาฤกษ์อาคารอุบัติเหตุ และฉุกเฉิน
ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว พระราชทานนามว่า' อาคาร 100 ปี สมเด็จพระบรมราชชนก '
ในการให้บริการรักษาพยาบาลทั่วไปปัจจุบัน
โรงพยาบาลของคณะแพทยศาสตร์ สามารถเปิดบริการรับคนไข้ใน ได้ จำนวน635 เตียง